No início da década de 1960, o Pr. Antonio da Paz, ministro da Primeira Igreja Batista de Mossoró, fundou um ponto de pregação da palavra de Deus, no bairro do Alto de São Manoel, mais precisamente na praça Brunet. Esse ponto cresceu e mais tarde tornou-se uma Congregação. O trabalho teve grandes perspectivas de crescimento, tal como o bairro do Alto de São Manoel, bairro novo, cada dia ia crescendo, novas construções, novos comércios, etc; a congregação cresceu, e os irmãos sentiram a necessidade de ter um novo templo para abrigar mais pessoas. Foi então que em 1969, o Pr. Othoniel Marques Guedes, já ministro da Primeira Igreja Batista de Mossoró, inaugurou o templo construído em novo terreno, situado na Avenida Presidente Dutra, 1790, que mais tarde se tornaria uma das mais importantes avenidas da cidade de Mossoró.

Em 20 de Agosto de 1970, foi organizada a nova igreja, como Segunda Igreja Batista de Mossoró, com 28 membros, tendo como Pr. Interino, Othoniel Marques Guedes, que ficou até 27/12/1970. (Veja em nossa seção Downloads - História da Igreja em Atas - Ata de Organização da Segunda Igreja Batista) . Em seguida recebemos o Pr. José Martins do Nascimento, primeiro Pastor efetivo, ficando apenas 6 meses. Assumiu interinamente o Pr. Fernando Soares Albernaz até 07/02/1973. A Igreja dedicou-se ao ministério de Evangelismo, cresceu muito e levou a palavra de Deus de casa em casa.

Em 07/02/1973, assumiu efetivamente o pastorado da Segunda Igreja Batista de Mossoró o Pr. Diomédio Alves da Silva, que grandemente contribuiu para o crescimento da obra do Senhor, permanecendo na igreja até 28/07/1979.

A Igreja sentindo a necessidade de um Pastor com tempo integral para dar continuidade ao ministério de evangelismo, convidou o Pr. José Ribamar Miranda, que assumiu em 28/07/1979. A Igreja ainda jovem, mas já possuía cerca de mais de 200 membros e 2 congregações. Nessa época organizamos mais 3 congregações, das quais 2 formaram-se Igrejas, a Igreja Batista do Açu e a Igreja Batista em Upanema. Houve um grande crescimento na Igreja. O Ministério social Cristão foi aberto, fundou-se o centro beneficente de Mossoró, trabalho feito com 200 crianças e suas respectivas famílias. José Ribamar Miranda  foi o pastor que permaneceu mais tempo à frente da igreja, por cerca de quase 10 anos. Saiu para trabalhar na Junta de Missões Nacionais em 30/08/1988. Após sua saída, assumiu interinamente a Igreja o Pr. Antonio Texeira de Souza que ficou até 06/08/1988.

Em Agosto de 1998 chegava a nossa igreja o Pr. José Santana Damião, encontrando muitos desafios e uma boa liderança com muita disposição para trabalhar na obra do Senhor. O discipulado foi marca no ministério do Pr. Damião, bem como formação de líderes. Os jovens se identificaram com o seu trabalho e assim foram os quase 7 anos que permaneceu conosco.

Após a saída do Pr. Damião, a Igreja empenhou-se em orar para que Deus enviasse um servo que dirigisse o rebanho. Convidamos o Pr. Luiz Carlos de Albuquerque para assumir interinamente, até que recebêssemos de Deus uma resposta. Veio depois de quase um ano a confirmação do próprio Pr. Luiz Carlos, que assumiu efetivamente em 10/02/1996. Muitos foram os desafios; grande número de membros, o ministério da família; com os Encontros de Casais e Jovens com Cristo. Realizamos 4 E.C.C. e 3 E.J.C. A ampliação do Templo, que consideramos o maior desafio, reerguer o templo e um prédio para educação Religiosa, com 3 andares. Mas o Senhor foi conosco, tudo está sendo feito. O templo tem capacidade para quase 360 pessoas. Com esses desafios o Pr. Luiz Carlos de Albuquerque nos deixou em 01/11/1998.

Depois de 8 meses em oração, recebemos o Pr. Edson Nogueira Leite, empossado em 03/07/1999, que veio vencer os desafios junto conosco. Passando um período de 2 anos. A igreja ficou sem pastor por alguns meses, e convidamos como pastor interino o Pr. Manoel Soares Moreira, estando conosco durante 9 meses. A Igreja continuou a procura de um pastor que viesse a se firmar efetivamente, foi quando a igreja aceitou com alegria a vinda do nosso atual pastor  Alanar Romão Caldas e sua família sendo empossado no dia 11 de Outubro de 2003, o nosso pastor com grandes sonhos, para a sua Igreja, o seu trabalho na obra do Senhor tem rendido muitos frutos com os pequenos grupos formados nos lares, a Igreja tem confirmado que o Senhor vai fazer e está fazendo uma obra tremenda no meio dela através do servo do senhor Pr. Alanar que continua conosco e esse é o nosso desejo até o dia que Jesus vier buscar a sua Igreja.